Широкото използване на торове и пестициди в земеделието допринася за замърсяването на почвите и водните ресурси в региона. Тази практика не само застрашава здравето на водните екосистеми, но и намалява биоразнообразието в почвата. Въвеждането на органично земеделие и интегрирано управление на вредителите може значително да намали този проблем, като същевременно поддържа добри добиви.

Оголените земеделски площи без дървета и храсти са по-уязвими към климатични екстреми като суши и силни ветрове. Това води до по-чести загуби на реколта и намаляване на устойчивостта на местната общност. Възстановяването на дървесна растителност около полетата и въвеждането на устойчиви селскостопански технологии може да намали този риск.

Големите земеделски площи променят традиционния облик на ландшафта, като унищожават естетическите елементи на природата на района. Това също така намалява туристическия потенциал на региона. Включването на традиционни ландшафтни елементи, като овощни и зеленчукови градини и пасища, в земеделските практики може да съхрани природното наследство и да привлече повече посетители.

Интензивното земеделие, свързано с монокултури и премахване на растителността, значително намалява биоразнообразието в региона.
Местните растения и животни често биват изтласквани от инвазивни видове, които намират благоприятни условия в нарушените екосистеми. Подходът към това предизвикателство включва въвеждане на интегрирано земеделие, където дървета и земеделски култури съжителстват, и насърчаване на устойчиви земеделски практики.

Превръщането на гори и степни местообитания в земеделски земи води до сериозно унищожаване на естествените екосистеми в района. Тази трансформация затруднява миграцията на животни и възпроизводството на растенията, което намалява екологичната свързаност. За справяне с този проблем е важно да се създадат зелени коридори, които свързват оцелелите природни резервати, и да се възстановят ключови хабитати чрез залесяване и поддържане на разнообразна растителност.

Разораването на земи, особено в хълмистите райони около Елхово, води до значителна загуба на плодородна почва. Тази ерозия създава уязвимост към наводнения и сухи периоди, което влияе негативно върху селскостопанската продуктивност. Възстановяването на почвите може да се постигне чрез въвеждане на покривни култури, ротация на посевите и агролесовъдство, които едновременно стабилизират почвите и поддържат тяхното здраве.

През последните години изключително тревожно явление в района е пресъхването на реки и язовири, причина, за което са не само климатични и други природни причини, но в не по-малка степен и човешките дейности като пресушаване на язовири, използване на реките за добив на електроенергия и др. Влажните зони, които са били естествени буфери срещу наводнения и местообитания за диви животни, са силно засегнати от дренаж и земеделски дейности. Това води до намаляване на способността на природата да задържа вода и да поддържа биоразнообразието. Тези проблеми са подценени, а решаването им е сложно и комплексно.